Diagnostic génétique post-natal -Introduction

En 2018, 454 773 personnes ont bénéficié d’un examen génétique constitutionnelle.
Un examen de génétique constitutionnelle postnatale consiste à analyser les caractéristiques génétiques héritées ou acquises à un stade précoce du développement prénatal. 
Cette analyse a pour objet (Article R. 1131-1 du code de la santé publique):

• Soit de poser, de confirmer ou d’infirmer le diagnostic d’une maladie à caractère génétique chez une personne ;
• Soit de rechercher les caractéristiques d’un ou plusieurs gènes susceptibles d’être à l’origine du développement d’une maladie chez une personne ou les membres de sa famille potentiellement concernés ;
• Soit d’adapter la prise en charge médicale d’une personne selon ses caractéristiques génétiques. 

Les examens de génétique tumorale somatique et les examens réalisés dans le cadre du don (notamment analyses HLA dans le cadre de la greffe) sont en dehors du champ de la loi de bioéthique et donc de ce rapport annuel d’activité.

Différentes techniques permettent d’analyser ces caractéristiques génétiques. Si l’anomalie génétique est visible au niveau du chromosome, les techniques utilisées seront le plus souvent des techniques de cytogénétique (caryotype) y compris de cytogénétique moléculaire (hybridation in situ fluorescente : FISH). Si l’anomalie se situe au niveau de la molécule d’ADN, du gène, une technique de génétique moléculaire sera plutôt employée. Cette frontière autrefois franche entre cytogénétique et génétique moléculaire tend à disparaitre avec l’avènement de techniques qui permettent d’appréhender des remaniements chromosomiques au niveau moléculaire : analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA), techniques de séquençage à haut débit aussi appelées séquençage de nouvelle génération (NGS pour Next Generation Sequencing), ou encore séquençage massif en parallèle car permettant de tester plusieurs gènes dans une seule technique (panels de gènes).

Ce rapport d’activité de génétique postnatale constitue un outil important pour connaitre les pratiques et les besoins, notamment dans le cadre de suivi des PRS et du second plan maladies rares. Ce rapport, unique en Europe, est en constante évolution pour s’adapter à l’évolution des pratiques.

Les données de génétique postnatale correspondent à l’activité 2018 des laboratoires. Elles ont été recueillies de manière spécifique en coopération avec Orphanet.

Une modification du questionnaire de recueil des données d’activité a été réalisée en 2015, de façon à prendre en compte l’utilisation des techniques de séquençage à haut débit. Cette modification impacte les données d’activité de génétique moléculaire. La comparaison avec les années précédentes doit prendre en compte ce facteur.

Une première campagne dite qualitative au mois d’octobre a permis de recueillir le descriptif des panels de gènes (la technique de NGS permet dans une indication clinique donnée d’analyser en un seul examen une série de gènes impliqués) : indication clinique du panel, maladies et gènes testés.
Cinq⁽¹⁾  laboratoires n’ont pas transmis leur rapport d’activité avant la fin de la campagne de recueil. Au final, 225 laboratoires ont rendu leur rapport annuel d’activité pour 230 laboratoires contactés. Parmi les 225 laboratoires qui ont rendu leur rapport d’activité, deux laboratoires de génétique moléculaire n’ont pas eu d’activité au cours de l’année 2018.

^{(1) Ces cinq laboratoires ont indiqué lors d’un appel téléphonique ne pas avoir eu d’activité. Néanmoins, leur rapport d’activité rapportant une activité nulle n’a pas été validé.}

Parmi les 223 laboratoires ayant déclaré une activité à l’Agence de la biomédecine, 64 ont au moins une activité de cytogénétique y compris de cytogénétique moléculaire et 191 au moins une activité de génétique moléculaire. Trente-deux laboratoires réalisent des examens dans les deux activités. Un peu plus d’un tiers des laboratoires autorisés pour la génétique moléculaire le sont uniquement pour une activité limitée (36,1%). Dans cette dernière situation, l’activité peut être limitée à un ou plusieurs examens de réalisation et d’interprétation généralement plus simples et qui nécessite(nt) une expertise spécifique (exemple en hématologie, pharmacologie) (tableaux POSTNATAL1 et POSTNATAL2).

Les deux cartes de la figure POSTNATAL1 montrent la répartition géographique des laboratoires sur le territoire français. Toutes les régions -hormis la Corse, la Guadeloupe, la Guyane et Mayotte non représentée- possèdent au moins un laboratoire de cytogénétique constitutionnelle. Toutes les régions -hormis la Corse, la Martinique, la Guyane et Mayotte non représentée- possèdent au moins un laboratoire de génétique moléculaire constitutionnelle. La répartition de cette activité sur le territoire donne une indication sur l’organisation et l’offre de soins nationale mais ne permet pas d'appréhender l'offre de soins de proximité. En effet, souvent les laboratoires travaillent en réseau. Les prélèvements voyageant, certains laboratoires proposent un diagnostic d’expertise pour l'ensemble de la France. Dans le contexte de l’utilisation à titre diagnostique de l’outil NGS, les laboratoires ayant une activité non limitée s’inscrivent dans les recommandations professionnelles spécifiant l’importance d’utiliser le réseau des laboratoires d’expertise de la pathologie/gène donné pour l’analyse et l’interprétation des résultats. Seule une cartographie des consultations de génétique pourrait montrer l'accès aux soins au niveau régional.