Diagnostic génétique post-natal -Activité de cytogénétique

L’activité de cytogénétique postnatale retrouve en 2018 un niveau d’activité comparable à celui de 2014 avec près de 68 230 individus qui ont bénéficié d’une FISH ou d’un caryotype (tableau POSTNATAL3).

Avec 65 523 examens en 2018, le caryotype reste très pratiqué en génétique postnatale (tableau POSTNATAL3). Les analyses d’hybridations in situ en fluorescence (FISH) sont souvent réalisées en complément d’un caryotype. Les FISH réalisées dans le cadre de validation de résultats de puces ne sont pas comptabilisées ici.

Les grands groupes d’indications sont présentés dans les tableaux POSTNATAL4 et POSTNATAL5 et la figure POSTNATAL2. Depuis 2016, les indications « don de gamètes » et « recherche d'une anomalie constitutionnelle suite à la réalisation d'un examen somatique » ont été ajoutées au tableau. Auparavant comptabilisées dans « autre », elles ont été individualisées du fait de leur fréquence.

Les examens de cytogénétique postnatale les plus souvent prescrits portent sur l’indication « troubles de la reproduction » (44 837 caryotypes et 6 965 FISH). Le nombre de caryotypes pour cette indication augmente régulièrement depuis 2016 (+10%).
 
Les examens de caryotype pour l’indication « don de gamètes » a augmenté de 24,3% depuis 2016. Son taux d’anomalies diagnostiquées est très faible 0,5% pour les anomalies équilibrées et 0,4% pour les anomalies déséquilibrées, ce qui est attendu car il ne s’agit pas ici de patients mais de donneurs potentiels dont le profil se rapproche de celui de la population générale.

Concernant l’indication « Déficience intellectuelle, malformation, anomalies du développement », le nombre d’examens de cytogénétique par caryotype chute régulièrement depuis plusieurs années : -3,5 % entre 2017 et 2018 et  33,0% depuis 2014. L’explication est probablement l’utilisation pour cette indication d’autres outils de génétique : les puces à ADN (cf. chapitre puce) et les panels de gènes par NGS (cf. chapitre génétique moléculaire). Pour cette indication le pourcentage d’anomalies déséquilibrées diagnostiquées est de 13,6%.
 
L’indication « recherche d'une anomalie constitutionnelle suite à la réalisation d'un examen somatique » est un examen de 2nde intention après une découverte que l’on peut qualifier d’incidente lors de l’examen de la tumeur. Le taux de diagnostics positifs attendu est donc important. En 2017 on observait 32% d’anomalies constitutionnelles (équilibrées et déséquilibrées) détectées via l’analyse tumorale. En 2018, on relève une nette baisse avec 14% d’anomalies constitutionnelles détectées. Il importe de suivre cette donnée pour mieux cerner les indications d’analyse du caryotype constitutionnel issues des laboratoires de cytogénétique tumoral.

En plus de ces grands groupes d’indications définis en collaboration avec les sociétés savantes de cytogénétique, l’Agence de la biomédecine recueille spécifiquement le nombre de cas de trisomies 21 diagnostiquées en génétique postnatale lorsqu’’il n’y a pas eu de diagnostic en prénatal (tableaux POSTNATAL 7 à 10). Cette donnée fait partie du dispositif global de suivi du dépistage de la trisomie 21 et fait l’objet d’une analyse dans ce contexte (cf. rapport annuel d’activité de diagnostic prénatal).
 
L’absence de diagnostic prénatal correspond à plusieurs situations : soit des femmes ayant eu un dépistage positif et ne souhaitant pas avoir de diagnostic, soit des femmes ayant eu un faux négatif du dépistage prénatal, soit des femmes n’ayant eu ni dépistage par marqueurs sériques maternels ni diagnostic au cours de leur grossesse.
 
En 2018, dans de telles situations, il y a eu 454 naissances d’enfants diagnostiqués avec une trisomie 21 en postnatal. Bien que ce chiffre soit fluctuant, aucune tendance à la hausse ne semble se dégager sur la période 2014 à 2018.

Parmi ces naissances, le parcours prénatal des femmes est inconnu pour 38,3% d’entre elles, 30,4% des femmes n’avaient pas réalisé de dépistage par marqueurs sériques maternels et 31,3% avaient choisi d’avoir un dépistage par marqueurs sériques.

Parmi les femmes ayant eu un dépistage par marqueurs sériques maternels mais n’ayant pas réalisé de diagnostic, 47,9 % étaient dans la zone à risque (> 1/250) et 47,9 % d’entre elles ne l’étaient pas (faux négatifs) (le résultat du dépistage est inconnu pour 4,2% d’entre-elles). Une attention particulière doit être portée sur le nombre important de parcours prénatal inconnus.

Les informations relatives aux résultats du dépistage d'aneuploïdies sur l'ADN fœtal circulant dans le sang maternel (ADNlcT21) montrent que 2 enfants sont nés avec une trisomie 21 alors que le dépistage génétique non invasif avait donné un résultat négatif. Les conditions de prescription et de réalisation de l’examen sont inconnues : en France ou à l’étranger, sur des femmes à risque ou en première intention. Pour rappel, 51 116 dépistages génétiques non invasifs avaient été réalisés en France en 2017. L’interprétation de ce résultat est donc difficile et doit se faire dans le cadre plus large du suivi du dépistage. Une vigilance particulière sur l’utilisation de ce dispositif est mise en place par l’Agence de la biomédecine.